(register-namespace "mung:" "http://purl.org/obo/owl/")

(define-ontology po
    (:base "http://purl.org/obo/owl/Y" :about !mung:)
  (object-property !mung:obo#part_of :transitive)
  (class !mung:X#X_0 :partial)
  (class !mung:X#X_1 :partial !mung:X#X_0)
  (class !mung:X#X_2 :partial !mung:X#X_1)
  (class !mung:X#X_3 :partial !mung:X#X_2)
  (class !mung:X#X_4 :partial !mung:X#X_3)

  (class !mung:Y#Y_1 :partial !mung:X#X_0)
  (class !mung:Y#Y_2 :partial !mung:Y#Y_1)
  (class !mung:Y#Y_2 :partial 
	 (restriction
	  !mung:obo#part_of (some-values-from !mung:X#X_2)))
  (class !mung:Y#Y_3 :partial !mung:Y#Y_2)
  (class !mung:Y#Y_3 :partial 
	 (restriction !mung:obo#part_of (some-values-from !mung:X#X_3)))
  (class !mung:Y#Y_4 :partial !mung:Y#Y_3)

  (class !mung:Z#Z_1 :partial !mung:X#X_0)
  (class !mung:Z#Z_2 :partial !mung:Z#Z_1)
  (class !mung:Z#Z_2 :partial
	 (restriction !mung:obo#part_of (some-values-from !mung:Y#Y_2)))
  (class !mung:Z#Z_3 :partial !mung:Z#Z_2)
  (class !mung:Z#Z_3 :partial
	 (restriction !mung:obo#part_of (some-values-from !mung:Y#Y_3)))
  (class !mung:Z#Z_4 :partial !mung:Z#Z_3)
  )

;; slight variant - means the same thing, but uses a slightly different expression.

(define-ontology po2
    (:base "http://purl.org/obo/owl/Y" :about !mung:)
  (object-property !mung:obo#part_of :transitive)
  (class !mung:X#X_0 :partial)
  (class !mung:X#X_1 :partial !mung:X#X_0)
  (class !mung:X#X_2 :partial !mung:X#X_1)
  (class !mung:X#X_3 :partial !mung:X#X_2)
  (class !mung:X#X_4 :partial !mung:X#X_3)

  (class !mung:Y#Y_1 :partial !mung:X#X_0)
  (class !mung:Y#Y_2 :partial !mung:Y#Y_1)
  (class !mung:Y#Y_2 :partial 
	 (restriction
	  !mung:obo#part_of (some-values-from !mung:X#X_2)))
  (class !mung:Y#Y_3 :partial !mung:Y#Y_2)
  (class !mung:Y#Y_3 :partial 
	 (restriction !mung:obo#part_of (some-values-from !mung:X#X_3)))
  (class !mung:Y#Y_4 :partial !mung:Y#Y_3)

  (class !mung:Z#Z_1 :partial !mung:X#X_0)
  (class !mung:Z#Z_2 :partial !mung:Z#Z_1)
  (class !mung:Z#Z_2 :partial
	 (restriction !mung:obo#part_of (some-values-from !mung:Y#Y_2)))
  ;; Note that we use intersection here!
  (class !mung:Z#Z_3 :partial
	 (intersection-of 
	  !mung:Z#Z_2
	  (restriction !mung:obo#part_of (some-values-from !mung:Y#Y_3))))
  (class !mung:Z#Z_4 :partial !mung:Z#Z_3)
  )

(defun po-compare-dig-sparql (&optional (po po))
  (let ((sparql  (sparql `(:select (?wholet ?part ) (:distinct t)
			   (?whole !rdfs:subClassOf ?wholet)
			   (?part !rdfs:subClassOf ?partt)
			   (?partt !rdfs:subClassOf :_restriction)
			   (:_restriction !owl:onProperty !mung:obo#part_of) 
			   (:_restriction !owl:someValuesFrom ?whole)
			   (:filter (and (not (equal ?part !owl:Nothing))
					 (not (equal ?wholet !owl:Thing))
					 (not (equal ?whole !owl:Nothing))
					 (not (isblank ?wholet))))
				    
			   ) :kb po :use-reasoner :jena :trace "The sparql query"))
	(dig
	 (loop for whole in (descendants !owl:Thing po) 
	    append (loop for part in
			(descendants (restriction !mung:obo#part_of 
						  (some-values-from whole)
						  ) po)
			collect (list whole part)))))
    (format t "In sparql, but not dig: ~%~{~a~%~}" (set-difference sparql dig :test 'equalp))
    (format t "In dig, but not sparql: ~%~{~a~%~}" (set-difference dig sparql :test 'equalp))
    (format t "In both ~%~{~a~%~}" (intersection dig sparql :test 'equalp))))
    
;; note that the sparql is very sensitive to exact expression. If you do
;; (po-compare-dig-sparql po2) then you will see that dig gets the same answer, but 
;; sparql loses a couple. See below for the two runs.

;; (po-compare-dig-sparql)

;; Query: The sparql query
;; PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
;; PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
;; SELECT DISTINCT ?wholet ?part
;; WHERE { 
;; ?whole rdfs:subClassOf ?wholet . 
;; ?part rdfs:subClassOf ?partt . 
;; ?partt rdfs:subClassOf _:RESTRICTION . 
;; _:RESTRICTION owl:onProperty <http://purl.org/obo/owl/obo#part_of> . 
;; _:RESTRICTION owl:someValuesFrom ?whole . 
;; FILTER ((!((?part =  <http://www.w3.org/2002/07/owl#Nothing> ))) && (!((?wholet =  <http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing> ))) && (!((?whole =  <http://www.w3.org/2002/07/owl#Nothing> ))) && (!(isblank(?wholet))))} 

;; In sparql, but not dig: 
;; In dig, but not sparql: 
;; (!mung:X#X_3 !mung:Z#Z_4)
;; (!mung:X#X_3 !mung:Z#Z_3)
;; (!mung:X#X_1 !mung:Z#Z_4)
;; (!mung:X#X_1 !mung:Z#Z_3)
;; (!mung:X#X_1 !mung:Z#Z_2)
;; (!mung:X#X_2 !mung:Z#Z_4)
;; (!mung:X#X_2 !mung:Z#Z_3)
;; (!mung:X#X_2 !mung:Z#Z_2)
;; In both 
;; (!mung:X#X_0 !mung:Z#Z_4)
;; (!mung:X#X_0 !mung:Z#Z_3)
;; (!mung:X#X_0 !mung:Y#Y_4)
;; (!mung:X#X_0 !mung:Y#Y_2)
;; (!mung:X#X_0 !mung:Z#Z_2)
;; (!mung:X#X_0 !mung:Y#Y_3)
;; (!mung:Y#Y_3 !mung:Z#Z_4)
;; (!mung:Y#Y_3 !mung:Z#Z_3)
;; (!mung:X#X_3 !mung:Y#Y_4)
;; (!mung:X#X_3 !mung:Y#Y_3)
;; (!mung:X#X_1 !mung:Y#Y_4)
;; (!mung:X#X_1 !mung:Y#Y_2)
;; (!mung:X#X_1 !mung:Y#Y_3)
;; (!mung:X#X_2 !mung:Y#Y_4)
;; (!mung:X#X_2 !mung:Y#Y_2)
;; (!mung:X#X_2 !mung:Y#Y_3)
;; (!mung:Y#Y_1 !mung:Z#Z_4)
;; (!mung:Y#Y_1 !mung:Z#Z_3)
;; (!mung:Y#Y_1 !mung:Z#Z_2)
;; (!mung:Y#Y_2 !mung:Z#Z_4)
;; (!mung:Y#Y_2 !mung:Z#Z_3)
;; (!mung:Y#Y_2 !mung:Z#Z_2)

;; ****************************************************************

;; (po-compare-dig-sparql p02)

;; same sparql query

;; In sparql, but not dig: 
;; In dig, but not sparql: 
;; (!mung:Y#Y_3 !mung:Z#Z_4)
;; (!mung:Y#Y_3 !mung:Z#Z_3)
;; (!mung:X#X_3 !mung:Z#Z_4)
;; (!mung:X#X_3 !mung:Z#Z_3)
;; (!mung:X#X_1 !mung:Z#Z_4)
;; (!mung:X#X_1 !mung:Z#Z_3)
;; (!mung:X#X_1 !mung:Z#Z_2)
;; (!mung:X#X_2 !mung:Z#Z_4)
;; (!mung:X#X_2 !mung:Z#Z_3)
;; (!mung:X#X_2 !mung:Z#Z_2)
;; In both 
;; (!mung:X#X_0 !mung:Z#Z_4)
;; (!mung:X#X_0 !mung:Z#Z_3)
;; (!mung:X#X_0 !mung:Y#Y_4)
;; (!mung:X#X_0 !mung:Y#Y_2)
;; (!mung:X#X_0 !mung:Z#Z_2)
;; (!mung:X#X_0 !mung:Y#Y_3)
;; (!mung:X#X_3 !mung:Y#Y_4)
;; (!mung:X#X_3 !mung:Y#Y_3)
;; (!mung:X#X_1 !mung:Y#Y_4)
;; (!mung:X#X_1 !mung:Y#Y_2)
;; (!mung:X#X_1 !mung:Y#Y_3)
;; (!mung:X#X_2 !mung:Y#Y_4)
;; (!mung:X#X_2 !mung:Y#Y_2)
;; (!mung:X#X_2 !mung:Y#Y_3)
;; (!mung:Y#Y_1 !mung:Z#Z_4)
;; (!mung:Y#Y_1 !mung:Z#Z_3)
;; (!mung:Y#Y_1 !mung:Z#Z_2)
;; (!mung:Y#Y_2 !mung:Z#Z_4)
;; (!mung:Y#Y_2 !mung:Z#Z_3)
;; (!mung:Y#Y_2 !mung:Z#Z_2)